A Inspeção-Geral dos Serviços de Justiça (IGSP) tem por missão desempenhar as funções de auditoria, inspeção e fiscalização de todas as entidades, serviços e organismos dependentes do Ministério da Justiça ou sujeitos à sua tutela ou regulação, com vista a corrigir as ilegalidades ou irregularidades e otimizar o funcionamento dos serviços.

A Direção-Geral da Política de Justiça (DGPJ) tem por missão prestar apoio técnico, acompanhar e monitorizar políticas, organizar e fomentar o recurso aos tribunais arbitrais, aos Julgados de Paz e a outros meios extrajudiciais de resolução de conflitos, assegurando o planeamento estratégico e a coordenação das relações externas e de cooperação, e é responsável pela informação estatística da área da justiça.

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A Direção-Geral da Administração da Justiça (DGAJ) tem por missão assegurar o apoio ao funcionamento dos tribunais, colaborando na definição do seu modelo de organização e gestão, propondo medidas para a sua modernização e racionalização, assegurando a gestão dos seus funcionários, a contratação de bens e serviços e colaborando com o IGFEJ no planeamento e execução de obras de construção, remodelação ou conservação das instalações. A DGAJ assegura, ainda, a cooperação judiciária internacional em matéria civil e, desde 1993 (Decreto-Lei n.º 148/93, de 3 de maio) é também responsável pelos Serviços de Identificação Criminal. Assegura, ainda, a formação aos funcionários dos tribunais, através do seu Centro de Formação.

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A Direção-Geral de Reinserção e Serviços Prisionais (DGRSP) tem por missão o desenvolvimento das políticas de prevenção criminal, de execução das penas e medidas e de reinserção social e a gestão dos sistemas tutelar educativo e prisional, assegurando condições compatíveis com a dignidade humana e contribuindo para a defesa da ordem e da paz social. A DGRSP dispõe, para além dos seus serviços centrais, de serviços desconcentrados, como os estabelecimentos prisionais, as equipas de reinserção social, as equipas de vigilância eletrónica e os centros educativos.

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A Polícia Judiciária (PJ) é um corpo superior de polícia que tem por missão coadjuvar as autoridades judiciárias na investigação, desenvolver e promover as ações de prevenção e investigação criminal da sua competência ou que lhe sejam cometidas pelas autoridades judiciárias competentes, bem como as que lhe sejam cometidas pela Lei de Segurança Interna, pela Lei-Quadro da Política Criminal e pelas estratégias nacionais que definem os objetivos, as prioridades e as orientações de política criminal.
Compete-lhe igualmente, enquanto entidade oficial, a realização de perícias e exames.

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O Instituto de Gestão Financeira e Equipamentos da Justiça, I.P. (IGFEJ, I. P.) tem por missão a gestão dos recursos financeiros do Ministério da Justiça, a gestão do património afeto à área da justiça, das infraestruturas e recursos tecnológicos em articulação com os demais serviços e organismos do Ministério. Tem a responsabilidade de monitorizar as custas processuais e o apoio judiciário, para além de gerir, dinamizar e desenvolver os sistemas de informação e o reforço das infraestruturas tecnológicas da Justiça.

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O Instituto dos Registos e do Notariado, I.P. (IRN, I. P.) tem por missão executar e acompanhar as políticas relativas aos serviços de registo, tendo em vista assegurar a prestação de serviços aos cidadãos e às empresas no âmbito da identificação e do registo civil, de nacionalidade, predial, comercial, de bens móveis e de pessoas coletivas, bem como assegurar a regulação, controlo e fiscalização da atividade notarial.  Como o próprio Instituto refere, está presente nos principais eventos dos cidadãos desde o seu nascimento, casamento, aquisições de casa, automóvel, heranças e até no óbito, pois o registo é uma função fundamental do Estado, dos direitos e deveres sociais e um pilar da organização económica de um país.

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O Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses, I.P. (INMLCF, I. P.) tem por missão assegurar a prestação de serviços periciais médico-legais e forenses, a coordenação científica da atividade no âmbito da medicina legal, e de outras ciências forenses, bem como a promoção da formação e da investigação neste domínio, superintendendo e orientando a atividade dos serviços médico-legais e dos profissionais contratados para o exercício de funções periciais. O INMLCF realiza, no âmbito das suas atribuições, autópsias médico-legais e outros exames cadavéricos; exames e perícias em pessoas; perícias e exames laboratoriais químicos e toxicológicos; perícias e exames de identificação genética; perícias e exames psiquiátricos e psicológicos; e perícias e exames de anatomia patológica forense. O INMLCF também assegura atividades a nível da formação, ensino, investigação e divulgação científicas.

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O Instituto Nacional da Propriedade Industrial, I. P. (INPI, I. P.), tem por missão assegurar a proteção e promoção da propriedade industrial, a nível nacional e internacional, de acordo com a política de modernização e fortalecimento da estrutura empresarial do país, nomeadamente em colaboração com as organizações internacionais especializadas na matéria de que Portugal é membro. O INPI, I. P., atribui e assegura a proteção de direitos sobre marcas, logótipos, patentes, modelos de utilidade, designs, denominações de origem e indicações geográficas. Garante, ainda, que as legislações nacionais e internacionais são respeitadas durante os processos de atribuição e proteção dos direitos de propriedade industrial.

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O Centro de Estudos Judiciários (CEJ) é um estabelecimento de formação que tem por missão formar profissionalmente magistrados judiciais e magistrados do Ministério Público, bem como os assessores dos tribunais, assegurar ações de formação jurídica e judiciária de advogados, solicitadores e agentes de outros sectores profissionais da Justiça, estabelecer e desenvolver relações de cooperação com instituições similares, em especial com as dos países de língua portuguesa e desenvolver atividades de estudo e de investigação jurídica e judiciária.

O Centro de Estudos Judiciários (CEJ) é um estabelecimento de formação que tem por missão formar profissionalmente magistrados judiciais e magistrados do Ministério Público, bem como os assessores dos tribunais, assegurar ações de formação jurídica e judiciária de advogados, solicitadores e agentes de outros sectores profissionais da Justiça, estabelecer e desenvolver relações de cooperação com instituições similares, em especial com as dos países de língua portuguesa e desenvolver atividades de estudo e de investigação jurídica e judiciária.

A Comissão de Programas Especiais de Segurança (CPES) tem por missão, no âmbito da proteção de testemunhas em processo penal, estabelecer e assegurar a efetivação dos programas especiais de segurança previstos na lei.

A Comissão de Programas Especiais de Segurança (CPES) tem por missão, no âmbito da proteção de testemunhas em processo penal, estabelecer e assegurar a efetivação dos programas especiais de segurança previstos na lei.

O Conselho Consultivo da Justiça é o órgão de consulta e aconselhamento estratégico do Ministério da Justiça com competência para fazer propostas e emitir pareceres e recomendações relativas à política global da área de justiça.